Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) «Διεθνής και Ευρωπαϊκή Διακυβέρνηση και Πολιτική» δημιουργήθηκε το 1994 με αρχικό τίτλο "Ευρωπαϊκή Οργάνωση και Διπλωματία".
Το αντικείμενο του προγράμματος συνίσταται στην παροχή εξειδικευμένων γνώσεων και στην εμβάθυνση στο αντικείμενο των Διεθνών και Ευρωπαϊκών σπουδών υπό το φως των εξελίξεων στο σύγχρονο παγκοσμιοποιημένο περιβάλλον καθώς και η προαγωγή της έρευνας στους τομείς αυτούς. Η προστιθέμενη αξία του προγράμματος οφείλεται στον διεπιστημονικό του χαρακτήρα και στη δυνατότητα επιλογής μαθημάτων από ποικίλα γνωστικά πεδία και αντικείμενα, όπως οι διεθνείς σχέσεις, οι διεθνείς οργανισμοί και η ευρωπαϊκή ολοκλήρωση που εξετάζονται από πολιτική, νομική και οικονομική σκοπιά.
Το Πρόγραμμα αποσκοπεί στην εξοικείωση τους φοιτητών με τα σύγχρονα επιστημονικά ρεύματα και στην απόκτηση των απαραίτητων ερευνητικών εργαλείων και πρακτικών δεξιοτήτων που επιτρέπουν την εμβάθυνση και την εξειδίκευση των γνώσεων τους και την ανάπτυξη ερευνητικών δραστηριοτήτων στον τομέα των Διεθνών και Ευρωπαϊκών Σπουδών. Στο πλαίσιο αυτό, πρωταρχικό στόχο του προγράμματος συνιστά η άρτια κατάρτισή των φοιτητών για την περαιτέρω επιστημονική και επαγγελματική τους σταδιοδρομία, η οποία περιλαμβάνει, μεταξύ άλλων, την στελέχωση διεθνών και ευρωπαϊκών οργανισμών, καθώς και ελληνικών δημοσίων υπηρεσιών, την πρόσβαση στον ακαδημαϊκό χώρο και την απασχόληση στον ιδιωτικό τομέα στην Ελλάδα και το εξωτερικό.
Από το ακαδημαϊκό έτος 2014-15, το αναμορφωμένο μεταπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών είναι εντατικό - μονοετές (ένα πλήρες ημερολογιακό έτος) και συγκεκριμένα περιλαμβάνει κατ’ ελάχιστον δύο (2) εξάμηνα. Ο φοιτητής υποχρεούται να δηλώσει συνολικά τέσσερα (4) μεταπτυχιακά μαθήματα ανά εξάμηνο. Το πρώτο εξάμηνο το ένα (1) μάθημα είναι υποχρεωτικό και τα υπόλοιπα επιλογής, ενώ στο δεύτερο εξάμηνο είναι όλα επιλογής. Μετά το πέρας των δύο εξαμήνων ακολουθεί (την θερινή περίοδο) η συγγραφή της μεταπτυχιακής εργασίας.
Δίνεται η δυνατότητα και μερικής φοίτησης με παράταση της διάρκειας των σπουδών κατά δύο (2) επιπλέον εξάμηνα.
Μετά την ολοκλήρωση του μεταπτυχιακού κύκλου σπουδών, οι απόφοιτοι έχουν τη δυνατότητα εφόσον το επιθυμούν, να προχωρήσουν στην εκπόνηση διδακτορικής διατριβής σε γνωστικό πεδίο το οποίο καθορίζεται σε συνεννόηση με τα αρμόδια μέλη ΔΕΠ του Τομέα Διεθνών και Ευρωπαϊκών Σπουδών.